Inhaltsverzeichnis

Vorwort

Vorwort

"Nothing in biology makes sense except in the light of evolution."
T. Dobzhansky, Titel eines Essays in The American Biology Teacher (1973)

Das Jahr 2009 bringt uns als "Charles-Darwin-Jahr" das Doppeljubiläum seines 200. Geburtstages und den 150. Jahrestag der Erscheinung seiner Origin of Species. Eigentlich waren schon im Juli 2008 große öffentliche Feiern fällig, denn hierhin fällt die gemeinsame Lesung der Artikel von Alfred Wallace und Charles Darwin vor der Linnean Society in London zur Veränderlichkeit der biologischen Arten.

150 Jahre nach diesen bahnbrechenden Erkenntnissen sorgen PCR und Pyrosequenzierung dafür, dass sich die Datenbanken in immer höherem Tempo mit neuen Nukleotidsequenzen - inzwischen längst ganzen Genomen der Eukaryonten - füllen. Neben dem abstrakten "Genom des Menschen" liegen uns nun auch schon die individuellen Genome zweier wichtiger Akteure in diesem Feld - James Watson und Craig Venter - vor. Stammesgeschichtlich noch viel interessanter sind da aber eher andere Neuzugänge der ersten Jahreshälfte 2008, so beispielsweise das Schnabeltier Ornithorhynchus, das Lanzettfischchen Branchiostoma, der Lacktrichterling Laccaria, das Laubmoos Physcomitrella, die Pappel Populus, der Choanoflagellat Monosiga oder das Chromatophorengenom von Paulinella. Sie alle scheinen Zeugen für das rasche Wachstum im Feld der Phylogenomik zu sein, weit verteilt über den Stammbaum des Lebens. Tatsächlich aber ist es die ungeheure Biodiversität in all den Verwandtschaftsgruppen, die molekulare Phylogenetik so faszinierend macht und die sie nur schlaglichtartig repräsentieren.

Methodisch sind in der molekularen Phylogenetik Likelihoodbasierte , insbesondere die Bayesianischen Ansätze auf dem Vormarsch und spielen neben den klassischen Distanz und Parsimonieverfahren eine immer größere Rolle. Ganz besonders die erheblich verbesserten Methoden, die erlauben, unseren Stammbäumen eine Zeitskala zu geben und die Verzweigungen im Baum des Lebens zu datieren, zählen zu den spannendsten neuen Entwicklungen, denen wir hier nun mehr Raum geben. Wir hoffen, mit diesen und anderen Aktualisierungen und den weiteren Umbauarbeiten für die zweite Auflage nichts verschlimmbessert zu haben.

Danksagung

Ein ganz allgemeiner Dank unsererseits geht zunächst an die vielen wohlmeinenden Kollegen für ihre freundlichen Kommentare zum Erscheinen der ersten Auflage. Konkrete Vorschläge zur Umsetzung von Verbesserungen kamen insbesondere von Prof. Michael Schmitt, Herrn Gerrit Hartig und Herrn Simon Fischer. Dafür besonders herzlichen Dank. Herzlicher Dank gebührt auch Herrn Dr. Bernd Müller für zahlreiche kleinere Verbesserungsvorschläge und Herrn Felix Grewe für das Korrekturlesen einzelner Kapitel. K.M. möchte noch einmal der Deutschen Telekom Stiftung danken, deren finanzielle Unterstützung wesentlich zur Entstehung der ersten Auflage beigetragen hatte. Vielen Dank unverändert an Dr. Iven und Dr. Moltmann für die Betreuung des Projektes auf Verlagsseite.

Vorwort zur ersten Auflage

Das 20. Jahrhundert ist gelegentlich als das Jahrhundert der Biologie, insbesondere der Molekularbiologie, bezeichnet worden. Ob nun in der Tat die Biologie im letzten Jahrhundert noch größere Fortschritte gemacht hat als andere Wissenschaften, sei dahingestellt. Eines aber ist sicher: In der Mitte des 20. Jahrhunderts ist das Gen stofflich fassbar geworden. Wir wissen sehr genau, wie wir uns unsere Erbanlagen vorzustellen haben. Wir kennen ihre chemische Beschaffenheit und wir können die Sprache der Gene in allen heute lebenden Organismen zumindest prinzipiell lesen. Nicht nur das - im letzten Drittel des 20. Jahrhunderts haben wir auch gelernt, diese Sprache zu schreiben und in transgenen Organismen durch molekularbiologische Methoden zu verändern.

Ein Jahrhundert vor der Entwicklung der Gentechnik hatte ein anderer, zunächst rein theoretischer, Erkenntnisgewinn in der Biologie vergleichbar weitreichende gesellschaftliche Auswirkungen - wenn auch nicht für den Alltag, so doch für Daseinsphilosophie und Selbstverständnis. Das Konzept der Evolution hat ein biblisch-statisches Bild von der Vielfalt biologischer Arten unwiderruflich vom Sockel gestoßen. Was heute auf der Erde lebt, ist das Ergebnis von 3,5 Milliarden Jahren an biochemischem Probieren, Verwerfen, Verändern und Anpassen als Antwort auf eine sich verändernde Umwelt unseres Planeten im weitesten Sinne - klimatisch, chemisch und biologisch. Einiges über die Geschichte des Lebens auf der Erde können wir Fossilfunden entnehmen. Die Vielfalt an Dinosauriern vor ihrem Aussterben vor 65 Millionen Jahren ist anhand ihrer beeindruckenden versteinerten Skelette gut nachvollziehbar und die Entstehung vieler tierischer Baupläne im Kambrium vor mehr als 500 Millionen Jahren ebenso. In anderen Bereichen aber ist organismische Vielfalt und Veränderung längst nicht so gut mit Fossilien dokumentiert: Bakterien und andere Einzeller hinterlassen viel seltener deutliche Spuren und auch die Entstehung der ersten Landpflanzen auf der Erde ist nur unzufriedenstellend dokumentiert. Es bleiben die rezenten, heute lebenden Organismen, deren morphologische Merkmale oft jedoch nur vage oder sogar widersprüchliche Rückschlüsse auf die Geschichte ihrer Evolution zulassen.

Hier bekommt der Evolutionsforscher mit den Sequenzen biologischer Makromoleküle, sei es mit den DNA-Sequenzen der Gene oder den abgeleiteten Aminosäuresequenzen der Proteine, ein völlig neues Instrumentarium. In diesen Sequenzen ist die Geschichte des Lebens gespeichert. Aus unseren Gensequenzen lässt sich ableiten, ob wir mit Gorilla, Schimpanse oder Orang-Utan am engsten verwandt sind. Auch dort, wo klassische Merkmale rar sind, wie bei den Einzellern, gibt es immer noch Hunderte von Genen mit gleicher Funktion, aus deren schleichenden Sequenzveränderungen wir die Evolutionsgeschichte dieser Organismen mit oft erstaunlicher Sicherheit erschließen können. In diesem Buch geht es darum, wie die Erkenntnisse der Molekularbiologie in die Konzepte der Evolution einfließen. Wie also helfen uns die informationsspeichernden Makromoleküle die Stammesgeschichte des Lebens nachzuzeichnen?

Das Konzept unseres Buches

Das Interesse an molekularen Stammbäumen kann den unterschiedlichsten Hintergründen entstammen. Einige systematisch und taxonomisch arbeitende Biologen bedienen sich seit bald 20 Jahren der zunehmend einfacher zu gewinnenden molekularen Sequenzdaten, um die Stammesgeschichte und Evolution der Organismengruppen, die ihnen am Herzen liegen, zu verstehen. Für dahingehend Interessierte halten die Datenbanken vielleicht schon ein noch schlummerndes Potential bereits verfügbarer interessanter Sequenzen bereit. Molekularbiologen wiederum wollen vielleicht mit der evolutiven Entstehungsgeschichte der Proteine, Gene oder Genfamilien ihres Interesses mehr Einsichten über deren Funktion gewinnen - möglicherweise ist im Hinblick auf eine Publikation ein Genstammbaum gefragt.

Dem Biologiestudenten mag schlicht die interessante Schnittstelle von Molekularbiologie und Bioinformatik als einer der spannendsten Bereiche seines Faches erscheinen. Der Zugang in die Welt der molekularen Phylogenetik scheint jedoch vielen beschwerlich. Außer einem Verständnis für die Molekularbiologie braucht es Datenbanken, Computer, Programme und zum tieferen Verständnis auch etwas Mathematik, und zumindest einer dieser Bereiche schreckt manche interessierten Biologen und Biologiestudenten ab. Die verschiedenen Ansätze, Methoden und Modelle zur Stammbaumkonstruktion mit molekularen Sequenzdaten lassen die Materie oft zu theoretisch erscheinen, als dass sie zu forscherischer Tätigkeit motivieren würden. Die eher unfruchtbaren Gefechte zwischen den Befürwortern der einen gegenüber der anderen phylogenetischen Methodik machen den Zugang auch nicht leichter.

Wir wollen in diesem Buch zum Learning-By-Doing motivieren, ohne dabei die Grundlagen zu vernachlässigen. Die interessierten Leser sollen einen klaren Leitfaden zum Umgang mit Datenbanken und Programmen an die Hand bekommen, mit dem sie selbst schnellstmöglich loslegen können. Der ungeduldige Student mit biologischem Wissenshintergrund mag Kapitel 1 bis 3 überspringen und gleich bei 4 einsteigen. Das Buch könnte nach dem Studium der Grundlagen seinen Platz direkt neben dem PC finden und helfen, mit eigenen Sequenzdaten oder solchen aus den Datenbanken Alignments zu produzieren, Methoden auszuprobieren, Parameter zu verändern und gute Stammbäume zu produzieren - oder auch nur den kritischen Blick auf die publizierten Stammbäume der Kollegen schärfen. Wir hoffen, dass Index, Glossar und Verweise auf die Originalliteratur es auch als Nachschlagewerk nützlich machen. Andererseits wollen wir hier und da auch zur Erkundung neuer Terrains motivieren, denen wir uns hier nicht in größerer Breite widmen können. Insofern bleibt zu hoffen, dass wir mit dem hier gewählten Kompromiss im Spannungsfeld zwischen Umfang und Preis nicht völlig danebenliegen.

Molekulare Phylogenetik ist vielleicht noch mehr als andere Bereiche der modernen Biologie von Jargon und englischen Fachtermini dominiert. Wir bemühen uns hier nach bescheidenen Kräften um die deutsche Sprache, wenn auch nicht auf Kosten des Wiedererkennungswertes in der Literatur. So wird dann das "Alignment" für uns als das Ergebnis einer Alinierung übernommen, aber den feinsinnigen Unterschied zwischen Probability und Likelihood wollen wir nicht mit deutschen Wahrscheinlichkeiten verwässern.

Klappentext

Gene, Genome und Sequenzen auf der einen Seite, Algorithmen, Computer und Informatik auf der anderen - sie üben Faszination aus, halten aber viele Interessierte auf respektvolle Distanz. Die Schnittstelle der Bereiche ist mit dem modernen Begriff Bioinformatik belegt. In der Tat hat die Synthese von zwei unabhängigen Disziplinen selten so viele faszinierende neue Einsichten geliefert.

Eine spannende Teildisziplin der Bioinformatik ist die Molekulare Phylogenetik, deren Ziel die Rekonstruktion von Stammbäumen aus molekularen Daten ist: Computer, moderne Molekularbiologie und Kladistik haben der etwas angestaubten biologischen Systematik und Taxonomie eine ungeahnte Renaissance verschafft. Der Einstieg in beide Welten gleichzeitig - Molekularbiologie und Phylogenetik - war nicht unbedingt einfach. Hier schloss "Gene und Stammbäume" 2006 eine Lücke. Die zweite Auflage behält das bewährte Konzept bei, ist aber inhaltlich um zwei Kapitel erweitert, die den neuesten Trends unter anderem bei bayesianischen Ansätzen Rechnung tragen.

Einführende Kapitel über Molekularbiologie, Evolution, Taxonomie und Kladistik ermöglichen je nach Wissenshintergrund einen leichten Zugang zur Molekularen Phylogenetik. Den besonders schnellen Einstieg erlaubt ein spezielles Kapitel über den Weg von der Sequenz zum Stammbaum ohne Umwege oder Details. Wer es genauer wissen will, bekommt detaillierte Einführungen in die wichtigen methodischen Ansätze: Parsimonie, Distanzverfahren, Maximum Likelihood und bayesianische Verfahren. Speziellere Kapitel widmen sich neuen Methoden für stammbaumbasierte statistische Tests, Supertrees, Analysen von Substitutionsraten, molekularer Datierung und vielem mehr. Alles wird hands on anhand von nachvollziehbaren Beispielen mit der gängigen Software besprochen, die aus dem Internet bezogen werden kann.

Das Buch bietet so eine ideale Balance zwischen Theorie und Praxis. Es hat zahlreiche Illustrationen, bietet am Ende der Kapitel Hinweise zum Weiterlesen und schließt mit einem Glossar und einem umfangreichen Index.

Spektrum
AKADEMISCHER VERLAG

ISBN 978-3-8274-1983-5

Register

Index

A

A-posteriori-Wahrscheinlichkeit, -> Posterior probability
ABC-Modell, 341
Abstammungsgemeinschaft, 54, 54-56, 58
Abteilung, 51, 52-54
Accession -> Datenbankeintrag
Accession number -> Akzessionsnummer
18S rRNA, 16, 307
Acidic Phosphatase Type 5 (AP5), 308
Ackerschmalwand -> Arabidopsis Acoelomata, 341
Ad Hoc Rate Smoothing (AHRS), 250
Ad-hoc-Hypothesen, 151
Adams consensus, 314
Adaptation, 310
Adaptive Evolution, 342
Adelphotaxon, 357
Adenin, 4, 11, 358, 367
Adenosin, 3, 367
ADH (Alkoholdehydrogenase), 309
Adiantum, 342
Affen, 45, 48, 57, 70
AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphisms), 69
Afrotheria, 324
Agaricomycotina, 328
Agarosegel, 7, 36
Agarosegelelektrophorese, 35
Agavaceae, 77
Agreement Supertrees, 315
Agrobacterium tumefaciens, 7, 8, 28
AHRS (Ad Hoc Rate Smoothing), 250
AIC -> Akaike Information Criterion
Akaike Information Criterion (AIC), 192, 279, 357
Akkuratheit (von Methoden), 295
Aktin, 9, 307
Akzessionsnummer, 74, 77-79, 81, 90, 92, 218
Alanin, 11
Alignment, 86, 87, 110, 120, 122, 126, 138, 170
- Gap penalties, 188
Alignmentposition, 152
Alinierung, 95, 121, 170, 357
AliScore, 98
Alkaptonurie, 6
Alkoholdehydrogenase (ADH), 309
Allel, 19, 49, 50, 308, 357
Alligatoren, 54
allopatrisch -> Artbildung, allopatrische

Allospezies, 357
Allozym, 364
α -Helix, 15
α -Proteobakterien, 21, 28
Altman, Sidney, 7, 26
Alu-Elemente, 370
Alveolata, 330, 337, 359
Alveoline, 342
Amöben, 2
Amaranthaceae, 218
amber, 10
Amborella, 61, 311, 312, 339
Ambulocetus, 50
Ameisen, 251
Aminoacyl-tRNA-Synthetasen, 15, 332
Aminofunktion, 357
Aminosäure, 9, 10, 12, 15, 17, 27, 29, 31, 36, 331, 357
Aminosäure-Substitutionsmodelle, 187, 357
- empirische, 187

- +F, 188

- +G, 189

- +I, 189
- mechanistische, 187
Aminoterminus, 15, 357
Amoebozoa, 342
Among-site rate variation, 184, 357
Ampicillin, 35
Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLPs), 69
Amylase, 9
Anagenese, 357
Analogie, 57, 150, 342, 357, 363
Ancient DNA, 273
Aneuploidie, 21, 358
Angiopteris, 313
Angiospermen, 246, 251
Annelida, 324
Annotierung, 119
Anopheles, 50
Antennapedia, 341
Anthocerotophyta, 54, 327
Anthophyten, 328
Antibiotikum, 35
Anticodon, 12, 15, 16, 31, 358
Antikörper, 9
AP5 (Acidic Phosphatase Type 5), 308
Aphiden, 335
Apicomplexa, 330, 336, 337, 359
Apolipoprotein B, 31
apomorph, Apomorphie, 56, 57, 358
Approximately Unbiased Test (AU), 358
Arabidopsis, 8, 19, 23, 24, 52, 74, 309
Araliaceae, 309
Aramemnon, 76
Arber, Werner, 7
Arbuskuläre Mykorrhiza, 329
Archaea, 2, 17, 55, 310, 329-331, 339, 358
Archaeplastida, 334, 358
Archebakterien -> Archaea

Archezoa, 361
Archosauria, 54
Arginin, 11
Argonaut, 32
Arrays, 43
Art, 2, 19, 20, 28, 46-48, 49, 51, 53, 57, 59, 80, 308, 358
- biologische, 49, 358
- kryptische, 50
- unscharfe (fuzzy), 339
Artbildung, 64
- allopatrisch, 48, 357
- sympatrisch, 48, 371
Artentstehung -> Artbildung
Arthropoda 324
Articulata, 47, 324
Artkonzept, 48, 49, 49, 339, 358
Ascomycota, 328
Asilomar, 7
Asparagales, 78, 82
Asparagin, 10
Aspartat, 10
Ast, 60, 61, 62, 62, 65, 125, 358
- intern, 60, 60
- terminal, 60, 60
Aster, 52
Astlänge, 358
Astrachan, Lazarus, 6
Atavismus, 358
Atmungskette, 22
ATP, 3
Atropa, 52
ATV (A Tree Viewer), 74, 109
AU (Approximately Unbiased Test), 294, 358
Außengruppe, 64, 65, 103, 125, 136, 137, 312, 358
Auge, 342
Autapomorphie, 57, 143
Autosom, 20
Average Consensus, 315
Avery, Oswald, 6
Aves, 54
Axinella, 23

B

B (Aspartat / Asparagin), 357
Bärlappgewächse, 55, 56, 328
BAC (Bacterial Artificial Chromosome), 36, 358
Bacteria, 2, 361
Bacterial Artificial Chromosome (BAC), 36, 358
Bakterienchromosom, 19
Bakteriophage, 6, 372
Baltimore, David, 7, 42
Bangiomorpha, 370
Barcode of Life, 358
Barnett, Leslie, 7
Basal, 358
Base stacking, 360
Basen, 359
Basenpaare, 3, 4, 8, 13, 23, 359
Basenzusammensetzung, 178
Basic Local Alignment Search Tool, - > BLAST

Basidienpilze, 328
Basidiomycota, 328
Basionym, 51
Batch files, 218
Baum
- additiver, 197
- Dendrogramm, 61
- gewurzelter, 61, 144
- Kladogramm, 61
- Länge, 152
- MP- 152
- Phylogramm, 61
- sparsamster, 152
- ultrametrischer, 61, 196, 197, 197
- ungewurzelter, 61, 144
- Zufalls- 159
Bauminsel, 163, 164, 164
Baumsuchverfahren, 114, 196, 359
Bayes' Theorem, 204, 235
Bayes, Thomas, 227
Bayes-Statistik -> Bayesianische Statistik

Bayesian Information Criterion (BIC), 280
Bayesian Supertrees, 315
Bayesianische Analyse Verfahren -> Bayesianische Statistik

Bayesianische Statistik, V, 105, 114, 204, 227, 234, 236, 301, 359, 369
Bayessche Statistik -> Bayesianische Statistik

Beadle, George, 6
BEAST, 105, 126
Bedingte Wahrscheinlichkeit, 204
bedingte Wahrscheinlichkeitsverteilung, 236
Benzer, Seymour, 7

β-Amylase, 309
β-Faltblatt, 15
Beutelsäuger, 117
Beuteltiere, 59, 307, 311, 322
BI (Bayesian Inference) -> Bayesianische Statistik

Bicosoecida, 336
Big Bang, 246
Bikonta, 342
Bilateria, 341
Binäre Merkmale, 152
Binäre Nomenklatur -> Nomenklatur

Binärmodell, 286
Binary model -> Binärmodell

Bininda-Emonds, Olaf, 313, 315, 322
Binomiale Nomenklatur -> Nomenklatur

Binomialverteilung, 209, 288
BioEdit, 89, 90, 110
Biogenetische Grundregel, 59
Biologisches Artkonzept -> Artkonzept

Biomembran, 331
Biparental, 308
Bithorax, 341
Blütenentwicklung, 309
Blätter (eines phylogenetischen Baumes) -> terminale Äste

BLAST, 80, 83, 90, 359
BLASTN, 81
BLASTP, 81
BLASTX, 81
Blatt, 60
Blatt (eines phylogenetischen Baumes) -> terminale Äste

BLOSUM (Blocks Substitution Matrix), 87, 188, 357, 359
BLOSUM-Modell, 188
Bootstrap, 98, 126, 129, 130, 138, 287, 287-289, 359
- nicht-parametrischer, 293
- parametrischer, 293, 368
Bos, 52
Botstein, David, 8
Boveri, Theodor, 5
Bovine Spongiforme Encephalopathie, 8
Boyer, Herbert, 7
BP-Modell, 189
Bp. -> Basenpaare Brachiopoda, 326
Branch -> Ast Branch addition, 159
Branch and bound, 159, 160, 359
Branch swapping, 162, 217, 221, 359
Branchiostoma, V Brandpilze, 328
Braunalgen, 334
Bremer support, 109, 292, 359
Bremer, Karen, 292
Brenner, Sydney, 7
Bryant, David, 107, 319, 321
Bryophyta, 54
BSE -> Bovine Spongiforme Encephalopathie

Bubo, 51
Buchnera, 335
Burn-in, 239

C

C3-Pflanzen, 57
C4-Pflanzen, 57
Cactaceae, 306
Caenorhabditis, 8, 19, 74, 334
Caesalpinioideae, 309
Calendini, Frederick, 101
Callistephus, 52
Canis, 367
Cap, 12, 13
Carboxylfunktion, 357
Carboxyterminus, 15, 120, 359
Carex, 309
Carnivora, 307
Carsonella, 335
Caryophyllales, 218
CAT-BP-Modell, 189
CAT-Modell, 189
Cavalier-Smith, Thomas, 359, 361
CBCs (Compensatory base changes), 286
cDNA, 7, 42, 75
CDS (Codierende Sequenz), 75, 78, 118
Cech, Thomas, 7, 26
Celera Genomics, 9
Cenancestor, 333, 365
Centimorgan, 6
Centromer, 9, 19, 20
Ceratium, 335
Chaetognatha, 326
Chamaedorea, 309
Chaperone, 342, 359
Chara, 22, 23
Character -> Merkmal

Character state -> Merkmalszustand

Character state change -> Merkmalsübergang

Character state tree -> Merkmals(zustands-) Baum

Chargaff, Erwin, 3, 6
Charleston, Mike, 109
Charophyta, 372
Chase, Martha, 6

χ² (Chi-Quadrat), 279
Chilton, Mary-Dell, 7
Chips, 43
Chlorarachniophyta, 336, 367
Chlorarachniophyten, 334
Chlorobionta, 334
Chlorophyll, 334
Chlorophyta, 334, 372
Chloroplast, 16, 20-22, 24-28, 30, 71, 306, 334, 338, 359, 370
Choanoflagellata, 325, 326
Choanozoa, 329
Chondriom, 22-24, 309, 338, 359
Chromalveolata, 336, 342, 359
Chromatid, 19, 359
Chromatin, 5
Chromatophoren, 335, 359
Chromera, 337
Chromista, 359
Chromosom, 19, 341, 359
Chronogramm, 60, 64, 246, 360
Chrysophyceae, 334
Chrysophyta, 336
Chytridiomycota, 328
CI -> Consistency Index oder Konfidenzintervall

Ciliata, 359
Cilien, 370
Ciona, 342
circadiane Rhythmik, 246
Clade -> Klade

Cladistics, 56 -> Kladistik

Classis -> Klasse

Closest Neighbour Interchange, 125, 162, 360
Clustal, 89, 90, 91, 93, 117, 138, 360
Clustal, 87
Clustal-Algorithmus, 218
Clustal-X, 93, 110
Cluster -> Gencluster

Clustering-Algorithmus, Verfahren -> Clustering Methoden

Clustering-Methoden, 115, 196, 198, 360
CNI -> Closest Neighbour Interchange

Cnidaria, 325, 341, 341
Coalescence -> Koaleszenz

coalescent priors, 259
Coccolithophora, 334
Code
- für Nomenklatur, 52
- genetischer, 7, 9, 10, 11, 14, 23, 29, 29, 86, 120, 175, 190, 361
- Phylocode, 55
Codon, 10, 12, 15, 86, 87, 360
Codon-Substitutionsmodelle, 106, 190
Codonfamilien, 10, 86, 175, 360
Codonposition, dritte, 154, 176, 183
Coevolution -> Koevolution

COG (Cluster of Orthologous Groups), 76
Cohen, Stanley, 7
Combinable component consensus, 314
Compatibility Matrix, 320
Compensatory base changes (CBCs), 286
Concerted Evolution -> Evolution, konzertierte
Conditional distribution, 236
conditional distribution -> bedingte Wahrscheinlichkeitsverteilung
Coniferopsida, 328
CONSEL, 294
Consensus tree -> Konsensusbaum
Consistency, 294
Consistency Index (CI), 167, 360
Convolvulaceae, 52
CorA, 310
Core Eudicots, 54
Correns, Carl, 5
Cosmid, 35
Cost matrix -> Kostenmatrix
Counting methods -> Zählmethoden
Covarion-Modell, 284
Covariotide/covarion models, 217
CpG-Inseln, 360
cpREV-Modell, 189
credibility interval, 236
Crick, Francis, 3, 6, 7, 14, 44
Crocodylidae, 54
Crondall, Keith, 105
Cross-validation, 249, 254
Crossing over, 5, 370
Crown group (Kronengruppe), 364
Cryptomonaden, 336, 367
Cryptophyta, 334, 335, 359
Crystallin, 342
Ctenophora, 341
CTP, 3
Cuvier, Georges, 47
Cyanellen, 362
Cyanobakterien, 2, 22, 22, 334, 370
Cyano-Base, 76
Cycadopsida, 328
Cystein, 10
Cytidin, 3, 367
Cytogenetik, 5
Cytosin, 4, 11 , 358, 367
Cytosol, 12

D

Dachs, 51
DAMBE, 104, 112
D&C (Divide-and-Conquer), 97, 315
Danio, 341
Darwin
- Charles, V
- Charles, 20, 46, 48, 58, 328
- Erasmus, 46
Darwinfinken, 369
Darwinismus, 46, 72
Dateiformat, 94, 119, 123 -> auch ABI, FASTA, GenBank, MEGA, Newick, NEXUS, PHYLIP
- Interleave, 93, 128
- Konvertierung, 92, 95, 128
- natives, 95
Datenbankeintrag, 74, 77, 78
dATP, 3
Dawkins, Richard, 48, 72
Dayhoff-Matrix -> Dayhoff Modell

Dayhoff-Modell, 188
DCA, 97
dCTP, 3
DDBJ (DNA Data Bank of Japan), 76
de Vries, Hugo, 5
Deaminierung, 364
Decay Index Wert, -> Bremer support

Delbrück, Max, 6
Deletion, 86, 87, 360
Dentin Matrix Protein (DMP1), 307
Desoxyribonukleinsäure -> DNA

Deuterostomia, 326
dGTP, 3
DIALIGN, 97
DIALIGN-T, 97
Diatomeen, 334
DICER, 32
Dichotomie, 56, 58, 61, 64, 64, 65, 360
Didesoxysequenzierung, 7, 38, 367
Dinoflagellaten, 330, 334, 335, 359
Diploid, 19
Diplomonada, 361
Discicristata, 361
Distance -> Distanz

Distanz, 154, 176, 360
- additive, 193
- auf Bäumen, 192
- gesättigte, 186
- Jukes-Cantor-korrigierte, 180
- Kimura-2-Parameter
- korrigierte, 181
- nicht-additive, 193
- p- 176
- ultrametrische, 196
- unkorrigierte, 177, 179
Distanzkorrektur, 176, 177
Distanzmatrix, 154, 192, 194, 360
- additive, 194
Distanzmatrix-Methoden -> Distanzverfahren

Distanztyp maß -> Distanz

Distanzverfahren, 115, 173, 298, 360, 360
Diversifikationsrate, 273
Divide-and-Conquer (D&C), 97, 315
Divisio -> Abteilung

DMP1 (Dentin Matrix Protein), 307
DNA, 1, 3-6, 11, 50, 69, 331, 360, 367
Doppelstrang, 363
- Endonuklease, 7, 8, 32, 35
- in Chloroplasten, 338
- in Mitochondrien, 338
- mitochondriale, 308
- mobile, 337
- Organellen, 308
- Polymerase, 6, 37, 39, 42
- rekombinante, 32, 33
- Sequenzierung, 4, 7, 8, 17, 18, 37-39, 42
DNA Data Bank of Japan, 74, 366
DNA Fingerprinting, 69
DNA-Sequenzevolution, Modelle für -> Substitutionsmodelle
DNATREE, 293
Dobzhansky, Theodosius, 47, 333
Dollo-Parsimonie, 152, 157, 360
Domäne, 2, 55, 70, 360
Dominant, dominantes Merkmal, 19, 360
Doppelhelix, 1, 3, 4, 6
Doppelschicht, 332
Doublet-Modell, 286
Down-Syndrom, 21
DPRml, 225
Dreiecksungleichung, 193
DROSHA, 32
Drosophila, 5, 8, 21, 50, 74, 333, 334, 341
Drummond, Alexei, 105
DT-Test, 280
dTTP, 3
Duchenne-Muskeldystrophie, 21
Dulbecco, Renato, 7

E

EBI (European Bioinformatics Institute), 76, 77
Ecdysozoa (Häutungstiere), 312, 324, 341
Ediacara-Fauna, 360
EF -> Elongationsfaktor

Effizienz (von Methoden), 295
Eidechsen, 54
Ein-Gen-ein-Enzym-Hypothese, 6
Ein-Schritt-Methode, 114, 196
Einheitsmatrix, 212
Eldregde, Niles, 369
Elektrophorese, 7
Elektroporation, 34
Elongationsfaktoren, 307, 333
ELW-Test (Expected Likelihood Weights Test), 294
EMBL, 76
Embryophyta, 53, 327, 338, 372
Encephalitozoon, 17
Endomykorrhiza, 329
Endosymbionten, 21, 330, 334
Endosymbiontentheorie, 21, 22, 360
- serielle, 370
Endosymbiose
- primäre, 334
- sekundäre, 334
Ensemble Consistency Index, 168, 360
Ensemble Retention Index, 169, 370
Entamoeba, 366
Entrez, 77
Entwicklungsbiologie, 310, 340
Entwicklungsstufen, 54
Enzym, 9, 15, 26
Epitheton, 51, 367
EPS -> Encapsulated Postscript

Equisetum, 55, 56, 328
Equus, 51, 121
Erbinformation, 1, 2, 2-4, 6, 12, 19, 49, 50, 360
Erschöpfende Suche, 159
Escherichia, 8, 17, 33, 339
Esel, 51
ESTs (Expressed Sequence Tags), 42, 78, 81, 341
Euarchontoglires, 324
Eubacteria, 55, 55, 310, 329, 331, 361
Eucalyptus, 306
Eudikotylen, 251
Eugenik, 59, 72
Euglena, 361
Euglenida, 335
Euglenophyta, 334
Euglenozoa, 330, 335, 361
Eukaryonten, 2, 13, 14, 17, 55, 75, 331, 361
Eukaryota -> Eukaryonten

Eumetazoa, 324
Euphyllophyta, 55, 327
Euplotida, 29
European Bioinformatics Institute, 74, 360, 366
European Molecular Biology Laboratory, 74
Eurosids II, 54
Euryarchaeota, 330
Eutheria, 120, 121, 324
Evo-Devo, 310, 361
Evolution, 5, 49, 361
- adaptive, 342
- konvergente, 150, 342, 363, 364
- konzertierte, 306, 307, 364
- neutrale, 366
- retikulate, 318, 366, 370
evolutionärer Algorithmus, 225
Evolutionstheorie, 48, 50, 72
- synthetische, 47
Excavata, 342, 361
Exemplar Approach, 313
Exhaustive search, 159
Exon, 8, 14, 19, 26, 27, 361
Exon Shuffling, 338
Expasy (Expert Protein Analysis System), 76
Exponentialverteilung, 263
Expressed Sequence Tags (ESTs), 42, 78, 81, 341
Extein, 27
extinkt, 60

F

F1times4-Modell, 190
F3x4-Modell, 190
F61-Modell, 190
F81-Modell, 177, 181, 182, 185
F84-Modell, 182
Fabaceae, 309
Familia -> Familie
Familie, 51, 52, 54, 55, 58
Farbenblindheit, 21
Farne, 56
Farris' f-Statistik, 195
Farris, James, 56, 108, 195
FASTA, 361
FASTA-Format, 78, 81, 81, 82, 91, 93, 94, 137, 361
Felsenstein, Joseph, 98, 104, 177, 203, 217, 226, 293, 297, 304
Felsenstein-Modell, 177, 181
Felsensteinzone, 297, 297, 361
Fequal-Modell, 190
Ferritin, 9
FHT-Test, 294
FigTree, 259
Filicophyta, 56
Filicopsida, 56
Fire, Andrew, 8
Firmicutes, 330
Fisher, Ronald Aylmer, 47, 203
Fit measures, 167
Fitch-Parsimonie, 152, 157, 158, 361
Flagellatenpilze, 328
Flavr-Savr, 8
Flemming, Walther, 5
Flusspferd, 337
FlyBase, 76
Forensik, 2
Fosmid, 35
Fossilbericht, 50
Fossilien, 47, 48, 50
Four-point-(metric)-condition, 194
Franklin, Rosalind, 4, 6, 44
Freiheitsgrad, 279
Frequency-Within-Replicates (FWR), beim Bootstrap, 288
FST-Test, 294

f-Statistik, 195
Fuchsia, 51
Fucoxanthin, 334
Fungi, 328
Fuzzy species, 339

G

GA -> Genetischer Algorithmus

Gabelblattgewächse, 55, 56, 328
Galapagos, 369
Gallus, 52
Gameten, 365
Gametophyt, 54
Gamma-Verteilung, 184, 216, 361
- α -Parameter, 186
- β -Parameter, 186
- shape-Parameter, 186, 370
Gamow, George, 7
Gap extension penalty, 95, 218, 365
Gap creation penalty, 95, 218, 365
Gap penalties, 188
GAPDH (Glycerinaldehyd-3 Phosphat-Dehyrogenase), 310
GARLI, 225
Garrod, Archibald, 6
Gascuel, Olivier, 107
GATEWAY™, 35
Gattung, 51, 51, 52, 58, 61, 80, 367
Gauß, Carl Friedrich, 195
GBp. -> Gigabasenpaare

GBSS I (Granule Bound Starch Synthase), 309
GC-Gehalt, 361
GCM-Modell, 284
Gefäßpflanzen, 54
Gefäßpflanzen (Tracheophyten), 246
Gelelektrophorese, 35
Gemeinsame Wahrscheinlichkeitsverteilung, 236
Gen, 1, 3, 5, 5-10, 11, 12, 14, 16, 17, 19, 22-29, 31, 36, 42, 43, 75, 75, 361
GenBank, 74, 76, 90, 361, 366
Genbank Identifier, 90
GenBank-Format, 78, 78, 79
Genbanken, 43
Genbaum, 361
Gencluster, 339, 341
- Hox-Gene, 313, 341, 341
- rRNA, 306, 307
Genduplikation, 342
Gene sharing, 342
Genentech, 7
General Time Reversible Model -> GTR-Modell

Generalisierte Parsimonie, 153, 361
Generationswechsel, 54, 365
Genetik, 3, 20
Genetischer Algorithmus, 225
Genetischer Code -> Code, genetischer

Genfamilie, 51, 70, 71, 309, 309, 338, 341, 362
- Myosin, 342
Genom, 3, 17, 69-71, 362
Genomics -> Genomik

Genomik, 17, 69, 362
Genotyp, 5, 49, 362
Gentamycin, 35
Gentechnologie, 32
Gentransfer, 24, 25, 27, 335, 362
- Agrobacterium, 28
- horizontaler, 28, 49, 71, 107, 310, 339, 362
- interorganellärer, 28, 338, 339, 362
- lateraler, 72, 339, 362
Genus, 51
Genverdoppelung, 339
Geordnetes Merkmal, 155, 362
Gewichten
- sukzessives, 154
- von Merkmalen, 153
Gewichtete Parsimonie, 154, 362
GHR (Growth Hormone Receptor), 308
GI -> GenBank Identifier

Giardia, 361
Gigabasenpaare, 362
Gilbert, Walter, 7, 8, 26, 332
Ginkgo, 52
Ginkgo, 365
Ginkgoopsida, 52, 328
Glaucocystophyta, 362
Glaucophyta, 334, 358, 362
globales Optimum, 163
Globin, 307
Glomeromycota, 329
Glutamat, 10
Glutamin, 10
Glycerinaldehyd-3-Phosphat Dehyrogenase (GAPDH), 310
Glycin, 11
Glyoxysomen, 364
Glyphosat, 8
GMM-Model, 285
Gnetopsida, 311, 328
Gnetum, 339
GOBASE, 76
Goldalgen, 334
Golgi-Apparat, 364
Goloboff, Pablo, 108
Gonnet-Matrix, 87, 188
Gonnet-Modell, 188
Goodness of fit, 195
Gould, Stephen, 48, 72, 369
Grünalgen, 372
Gradualismus, 362
Gramene, 76
Granule Bound Starch Synthase (GBSS I), 309
Graphical User Interface (GUI), 362
Griffith, Frederick, 6

gRNA (guide RNA), 31
Growth Hormone Receptor (GHR), 308
Gruppe I (II, III) -Intron -> Intron

GTP, 3
GTR-Modell, 131, 177, 182, 182, 185
- für Aminosäuren, 188
Guanin, 4, 11, 358, 367
Guanosin, 3, 367
GUI (Graphical User Interface), 362
Guillardia, 335, 367
Guindon, Stéphane, 107
GY94-Modell, 190
Gymnospermen, 246, 327

H

Hämoglobin, 9
Hadamard-Methoden, 298, 320, 362
Haeckel, Ernst, 59
Haemophilus, 7, 8, 17, 362
Haldane, John, 47
Hamming-Distanz, 362
Haploid, 19, 20, 54, 365
Haplomitrium, 311, 327
Haptophyta, 334, 359
Harnstoff, 331
Hasegawa, Masami, 294
Hasegawa-Kishino-Yano-Modell, - > HKY85-Modell

Hatena, 335
Heat-Shock-Proteine, 307, 339, 359
Hefen, 2
Helianthus, 367
Helical wheel, 362
Hendy, Michael, 298
Hendy-Penny-Spektren, 370
Hennig, Willi, 55, 56, 56
hennig86, 56
Hershey, Alfred, 6
Heterokontophyta, 334 -> Stramenopila

Heterolobosea, 361
Heterosom, 20
Heterotachie, 362
Heterozygot, 19, 360, 362
Heuristik, 65, 362
Heuristische Suche, 65, 101, 102, 108, 125, 126, 129, 129-131, 150, 154, 160, 362
HGMD (Human Genome Mutations Database), 76
HGT -> Gentransfer, horizontaler

HI (Homoplasy Index), 170
Hidden Markov Model, 217, 284, 363
Hierarchical Ordered Partitioning and Collapsing Hybrid (HOPACH), 250
Highest posterior density (HPD), 258
Hill-climbing-Algorithmen, 164
Hippopotamus, 337
Histidin, 10
Histon, 19, 363
Histone Code, 360
HIV -> Humanes Immundefizienz-Virus

HIV Database, 76
HKY85-Modell, 177, 181, 182, 185
hLRT (hierarchischer Likelihood Ratio Test), 279
HMM -> Hidden Markov Model

Hoagland, Mahlon, 6
Holley, Robert, 7
Holozoa, 326, 329
Homöobox, 341
Homo, 51, 343
Homoiologie, 310, 363
homolog -> Homologie

Homologie, 57, 70, 85, 86, 150, 363
- intraindividuelle, 363
- positionelle, 363
- serielle, 363
Homonomie, 363
Homoplasie, 58, 144, 151, 154, 167, 337, 363
homoplastisch -> Homoplasie

homoplasy -> Homoplasie

Homoplasy Index, 170
Homozygot, 19, 363
Hooke, Robert, 372
HOPACH (Hierarchical Ordered Partitioning and Collapsing Hybrid), 250
Hoppe-Seyler, Felix, 1, 5
Horizontaler Gentransfer -> Gentransfer

Hornmoose, 54
Hox-Gencluster, 361
Hox-Gene, 341
HPD (Highest posterior density), 258
HSP70 (Heat Shock Protein), 307, 339
Huelsenbeck, John, 105
HUGO -> Human Genome Project

Huhn, 52
Human Genome Project, 9, 363
Humanes Immundefizienz-Virus, 70
Humangenom, 339
Huson, Daniel, 107, 319, 321
Huxley
- Julian, 47
- Thomas Henry, 305
Hybrid local clocks, 249
Hybridarten, 51
Hybridisierung
- genetische, 48, 308
- von Nukleinsäuren, 7, 37, 38, 42, 43
Hydatellaceae, 61
Hydrogenosom, 24, 337, 363
Hydroleaceae, 52
HYPHY, 191, 247
Hypnaceae, 311
Hypothese
- Ad-hoc- 151
- alternative, 278
- Null- 278

I

ICBN -> International Code of Botanical Nomenclature

ICSP -> International Committee on Systematics of Prokaryotes

ICZN -> International Code of Zoological Nomenclature

Identitätsmatrix, 212
Immunglobulin, 7, 9
Immunsystem, 2
Indel, 85-87, 96, 123, 170, 176, 218, 363
Induction Property (PI), 316
Ingroup -> Innengruppe

Innengruppe, 61, 121, 251, 312, 363
Insekten, 57
Insertion, 363
Insulin, 7
Intein, 27, 363
Intelligent Design, 50
Intensitätsmatrix, 213
Intergenische Region, 17, 19, 28, 69, 85, 88, 363
Interleave -> Dateiformat

Intermembranraum, 364
Internal Transcribed Spacer (ITS), 306, 364
International Code of Botanical Nomenclature, 52
International Code of Zoological Nomenclature, 52
International Committee on Systematics of Prokaryotes, 52
International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN), 55, 363
interne Äste, 60
Interphotoreceptor-Retinoid-bindende Proteine (IRBP), 307
Intron, 7, 8, 12, 14, 26, 69, 70, 72, 75, 85, 88, 170, 338, 363, 367
- Gruppe I, 26, 27, 88, 338, 362
- Gruppe II, 26, 27, 88, 338, 362
- Gruppe III, 362
- Organellen, 338
Intron gain, 338
Introns early, 338
Introns late, 338
Invariable Positionen, 363
Inverted Repeat (IR), 25
IPNI (International Plant Names Index), 76
Ipomoea, 309
IQPNNI, 225
IR (Inverted Repeat), 25
IRBP (Interphotoreceptor Retinoid-bindende Proteine), 307
Isoenzym, 363
Isoleucin, 11
ISPN -> International Society for Phylogenetic Nomenclature
ITS (Internal Transcribed Spacer), 306, 364
IUPAC Ambiguity Code, 11, 11, 36, 107

J

Jackknife, 288, 364
Jacob, Francois, 7
Jakobidae, 361
JC-Modell (Jukes-Cantor-Modell), 177, 178, 182, 185, 214
jModel-Test, 281
Jobb, Gangolf, 104, 107
Jochpilze, 328
Johannsen, Wilhelm, 5
Joint probability distribution -> gemeinsame Wahrscheinlichkeitsverteilung

JTT-Modell, 188
Jukes-Cantor-Korrektur
- für Aminosäure-Sequenzen, 187
- für DNA-Sequenzen, 180
Jukes-Cantor-Modell -> JC-Modell

K

K2P-Modell (Kimura-2 Parameter-Modell), 177, 180, 182, 185, 215
K3P-Modell, 182, 185
K80-Modell, 177, 182
K81-Modell, 182
K81uf-Modell, 182, 185
Kalibrierte Phylogenien, 257
Kalibrierung, 251, 251
Kambrium, 246, 251
Kanamycin, 35
k (Kappa), 181, 215
Kartoffel, 51, 53
Karyogramm, 19, 364
KBp. -> Kilobasenpaare

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), 76
Keimbahn, 28
Keimzellen, 50
Keratin, 9
KH-(Kishino-Hasegawa)-Test, 293, 364
Khorana, Har Gobind, 7
Kieselalgen, 334
Kilobasenpaare, 364
Kimura, Mooto, 246, 366
Kimura-2-Parameter-Modell, -> K2P-Modell

Kinetoplastida, 330, 335, 335
Kishino-Hasegawa-(KH)-Test, 293, 364
Klade, 54, 55, 56, 60, 61, 62, 64, 67
Kladistik, 52, 53, 55, 56, 142, 364
Kladogenese, 364
Kladogramm, 60, 61, 62, 63, 63, 64, 65, 364
Klasse, 51, 52, 54
Kleeblattstruktur, 12
Kloakentiere, 121
Klon, 2, 364
Knoten, 60, 60-65, 67, 114, 158, 364
Koaleszenz, 308, 308, 364
Koevolution, 364
Kohorte, 52
Koloniehybridisierung, 43
Kompartiment, 2, 364
Kompatibilitätsmatrix, 319
kompetente Zellen, 33
Konfidenzintervall, 364
Konsensusbaum, 98, 314, 364
Konsistenz (von Methoden), 294
Kontextabhängige Mutation, 364
Konvergente Evolution, Konvergenz -> Evolution, konvergente
Konzertierte Evolution -> Evolution, konzertierte
Kornberg, Arthur, 6
Korrekturformel, 180, 181
Korrekturverfahren, 176, 178
Kosakovsky Pond, Sergei, 191
Kosten, 142
Kostenmatrix, 153, 156, 364
Kreationismus, 50, 72, 246
Kreidezeit, 251
Kreuzblütler, 52
Kriterium der kleinsten Quadrate, 195
Krokodile, 54
Kronengruppe (Crown group), 364
Kumar, Sudhir, 103
Kuru, 8
K-Wert, 180

L

Lac-Repressor, 7
Laccaria, V
Lamarck, Jean-Baptiste de, 46, 58, 364
Lamarckismus, 46, 72, 364
Landpflanzen -> Embryophyta

Large Single Copy Region (LSC), 25
Lariat, 367
Last Universal Common Ancestor (LUCA), 331, 333, 365
Lateraler Gentransfer -> Gentransfer, lateraler

Laubmoose, 54
Laurasiatheria, 324
LBA (Long Branch Attraction), 296, 311-313, 365
Leafy/floricaula (LFY/FLO), 309
Leaphy, 226
Least Squares, 115, 195, 197, 365
- in PAUP*, 200
Lebendes Fossil, 365
Lebermoose, 52, 54
Lederberg, Joshua, 6
Leguminosae, 309
Leishmania, 335
Lento-Plot, 319, 320
Leseraster, 9, 15, 30, 75, 81, 86, 92, 359
Leucin, 11
Levene, Phoebus, 5
Lewis, Edward, 341
LFY/FLO (leafy/floricaula), 309
LG-Modell, 189
Li-Wu-Luo-Methode, 191
Ligase, 33
Ligation, 33
Likelihood, 204, 240, 365
- der gesamten Daten, 206
- der Substitution entlang eines Zweiges, 214
- eines evolutiven Szenarios, 208
- eines Merkmals, 207
Logarithmus der, 206
Likelihood Ratchet, 225
Likelihood Ratio Test (LRT), 278, 365
- hierarchischer (hLRT), 279
Likelihood score, 131, 221, 280
Likelihood-Verteilung, 236
LINE (Long Interspersed Repetitive Elements), 337, 365
Lineage effects, 247
Lineage sorting, 308, 365
Lineage-through-time plots (LTT), 273
Linné, Carl von, 51
Linnaeus -> Linné, Carl von

Linsenauge, 342, 357
Lobodon, 121
Local clocks, 248
Log Likelihood, 206, 221, 278
Log-odds-Matrix, 188
Logarithmische Normalverteilung, 263
LogCombiner, 259
LogDet-Distanz, 183, 298, 365
lokales Optimum, 162, 163
Long Branch Attraction (LBA), 296, 311-313, 365
Long Interspersed Repetitive Elements (LINE), 337, 365
Lophotrochozoa, 324, 341
Loukozoa, 361
LRT (Likelihood Ratio Test), 278, 365
LS, -> Least Squares

LS-Methode, 195
- gewichtete, 195
- ungewichtete, 195
LSC (Large Single Copy Region), 25
LTT (Lineage-through-time plots), 273
LUCA (Last Universal Common Ancestor), 331, 333, 365
Luciferase, 41
Lücken im Alignment, 170, 176, -> auch Indel

Lumpers, 365
Luria, Salvador, 6
Lycophyta -> Lycopodiophyta

Lycopodiophyta, 55, 56, 327, 328, 338
Lyell, Charles, 47
Lysin, 10
Lyssenko, Trofim, 46

M

MacClade, 107
MacLeod, Colin, 6
Maddison
- David, 107
- Wayne, 107
MADS-Box, 341, 361
Mäuse (Murinae), 308
Mais, 337
Majority rule consensus, 288, 314
Majority-Rule Supertrees, 315
Malaria, 2, 337
Maluspunkte, 87
Mammalia, 57, 119
Mammillaria, 306
Mammut, 273
Marchantia, 22-24
Marchantiophyta, 54
Marginal distribution -> Randverteilung

Marginal likelihood, 236
Margulis, Lynn, 22
Markov chain -> Markov-Kette

Markov Chain Monte Carlo

- heated chains, 242
- Metropolis-coupled- 241
- Temperatur, 242
Markov, Andrei Andrejewitsch, 210, 211, 217
Markov-Kette, 210, 231, 365
- für kontinuierliche Zeit, 211
- Gedächtnislosigkeit, 211
- homogene, 211
- stationäre, 211
Markov-Prozess, 208, 211, 365
Marsupialia, 117
Martin, Jean-François, 101
Massenaussterben, 246
Maternale Vererbung -> Vererbung, maternal

Matrix, 66, 67, 85, 87, 115 -> auch BLOSUM- Compatibility- Distanz- Gonnet-
-PAM-Matrix

Matrix Representation using Compatibility (MRC), 315
Matrix Representation using Distances (MRD), 315
Matrix Representation using Parsimony (MRP), 314, 315
Matrixexponential, 214
Matrixmerkmal, 156
Matrixmultiplikation, 212
Matrixprodukt, 212
Matthaei, J. Heinrich, 7
Maturase, 27, 218, 365
Maulesel, 50
Maultier, 50, 51
Maxam, Allan, 8
Maximum Composite Likelihood, 191
Maximum Likelihood, 101, 105, 106, 114, 116, 117, 130-133, 137, 138, 203, 203, 235, 300, 365
Maximum Likelihood estimate, 257
Maximum Likelihood Supertrees, 315
Maximum Parsimony, 67, 114, 116, 117, 123, 125, 126, 130, 138, 141, 142, 145, 146, 149, 150, 152, 153, 155-159, 167, 295
Mayr, Ernst, 47, 48, 55, 358
MBp. -> Megabasenpaare

MC³-> MCMCMC

McCarty, Maclyn, 6
McClintock, Barbara, 29, 337
MCIC (Modified Complex Indel Coding), 171
MCMC, 257, 264
MCMCMC (Metropolis-coupled Markov Chain Monte Carlo)

- Algorithmus, 236, 239
- Generationen, 232
Mean Path Length (MPL), 248
Median, 272
Median Network, 319
MEGA, 62, 89, 93, 98, 103, 116, 247
MEGA-Format, 93, 94, 122, 123
Megabasenpaare, 17, 20
Mehrfachsubstitutionen, 176, 365
Mehrzustandsmerkmale, 155
Meiose, 19, 365
Meles, 51
Mello, Craig, 8
Membran, 7, 332
Mendel, Gregor, 5, 20, 47
Mereschkowsky, Constantin, 22
Merkmal, 3, 5, 6, 34, 49, 57, 58, 61, 64, 66, 66, 68, 142, 154, 366
- apomorph, 56
- Ausprägung, 3
- Austausch, 61, 67
- binäres, 152, 155
- diskretes, 66, 142, 154
- genomisches, 69
- geordnetes, 155
- - linear- 155
- - Merkmalsbaum, 155
- Gewicht, 153
- homoplastisches, 151
- invariables, 143
- konstantes, 143, 146
- Matrix- 156
- Mehrzustands- 155
- molekulares, 68, 69
- morphologisches, 70
- parsimonie-informatives, 142
- parsimonie-uninformatives, 146, 169
- plesiomorph, 56
- polyphyletisch, 67
- synapomorph, 56
- Typen, molekulare, 69
- ungeordnetes, 155, 372
- Zustand -> Merkmalszustand
Merkmals(zustands-)-Baum, 155
Merkmalsübergang, 150, 366
Merkmalskonflikt, 144
Merkmalsrekonstruktion, 145
Merkmalstyp, 142, 157
Merkmalszustand, 66, 66, 67, 87, 142, 143, 155, 158, 174, 366
- Übergang zwischen Zuständen, 144
- abgeleiteter, 152
- ursprünglicher, 152
Meselson, Matthew Stanley, 6
Mesozoa, 325, 326
messenger RNA -> mRNA
Metamonada, 361
Metaphase, 19
Metatheria, 119
Metazoa, 22, 251, 307, 324, 325, 341
Methanopyrus, 333
Methionin, 10, 15, 357

5-Methylcytosin, 360
Methylierung, 360
Metrik, additive, 193
Metrischer Stammbaum, 366
Metropolis-coupled Markov Chain Monte Carlo -> MCMCMC
MG94-Modell, 190
Microarrays, 43
Microbodies, 364
Microsporidia, 329
Midpoint rooting (Mittelpunktsbewurzelung), 366
Miescher, Johannes Friedrich, 1, 5
Mikrosomen, 6
Miller, Stanley Lloyd, 331
Miller-Urey-Experiment, 331
Mimivirus, 17
Minimum Evolution, 115, 123, 196
- in PAUP*, 200
Minizirkel (Minicircles), 335
miRNA ( micro RNAs), 32
Misof, Bernhard, 97, 98
missing links, 50
Mitochondriale DNA -> mtDNA
Mitochondrien, 16, 21, 21, 26, 27, 30, 71, 306, 334, 337, 338, 370
Mitose, 5, 19, 366
Mittel
- arithmetisches, 258, 272
- geometrisches, 272
Mittelpunktsbewurzelung (Midpoint rooting), 366
Mittelwert -> Mittel

ML -> Maximum Likelihood

ML-Schätzung, 205
MLE (Maximum Likelihood estimate), 257
Modell
- geschachteltes, 279
Modeltest, 105, 131, 279, 280
Modified Complex Indel Coding (MCIC), 171
Modus, 258
Molekularbiologie, 3, 366
Molekulare Uhr, 196, 216, 366
Mollusca, 47
Moniliformopses (Monilophyta), 55, 56, 327, 328
Monod, Jacques Lucien, 7
Monophylie, monophyletisch -> Monophylum

Monophylum, 53, 54, 61, 67, 327, 366
Monosiga, 24
Monosiga, V Monotremata, 121
Montiniaceae, 52
Morgan, Thomas, 5, 21
Morgan, Thomas Hunt, 47
Morrison, David, 112, 225, 272
Most Parsimonious Reconstruction (MPR), 159
Most recent common ancestor (MRCA), 251, 366
Mougeotia, 342
MP -> Maximum Parsimony

MPL (Mean Path Length), 248
MPR (Most Parsimonious Reconstruction), 159
MrBayes, 103, 105, 126, 128, 227, 228, 230-233, 239, 242
- burn-in, 232
- Generationen, 231, 232
- Konsensusbaum, 233
Markov chain, 231
MrBayes-Block, 228
MRC (Matrix Representation using Compatibility), 315
MRCA (Most recent common ancestor), 251, 366
MRD (Matrix Representation using Distances), 315
MrModeltest, 229
mRNA, 6, 7, 12, 31, 82, 366
MRP (Matrix Representation using Parsimony), 314, 315
mtDNA, 22, 23, 23, 308, 366
mtMam-Modell, 189
mtREV-Modell, 189
Müller, Jörn, 90, 110
Müller-Hill, Benno, 7
Muller, Hermann, 6
Mullis, Kary, 8, 36
multidivtime, 250
Multigenanalysen, 310, 311, 312, 313
Multi-Phyl, 225
Multiple hits, 176, 365
Multiple substitutions -> Multiple hits

Multistate characters, 155
Murein, 358
Murinae (Mäuse), 308
MUSCLE, 97
Mutation, 50, 366
Mycoplasma, 8, 17
Myosin-Genfamilie, 342
Myriapoda (Tausendfüßer), 307
Myxozoa, 325, 326

N

Nachtschattengewächse, 52, 53
Naegleria, 361
Nanoarchaeum, 17
Narceus, 23
Nathans, Daniel, 7
National Center for Biotechnology Information -> NCBI

National Institute of Health (NIH), 74
NCBI, 52, 53, 74, 76, 77, 77, 78, 80, 81, 117, 126, 137, 366
Nearest Neighbour Interchange, 162, 366
Nees von Esenbeck, Christian Gottfried Daniel, 52
Negative log Likelihood, 221
Negative Selektion -> Selektion

Nei-Gojobori-Methode, 191
Neighbour Joining, 115, 123, 132, 137, 196, 198, 280, 366
Neighbour-Net, 321
Neisseria, 339
Nelson consensus, 314
Nelson-Page consensus, 314
Nematoda, 324
Nematostella, 326
Neofunktionalisierung, 369
Nephroselmis, 335
nested hypotheses, 279
Network -> Netzwerk

Netzwerk, 318, 366
Neurospora, 6
Neutrale Evolution, -> Evolution, neutrale

neutrale Evolution, 246
Newick-Format, 62, 63, 110, 133, 139, 233, 367
Newton-Iterationen, 218
NEXUS-Format, 94, 101, 103, 123, 136, 138, 147, 172, 218, 223, 228, 229, 281, 319, 321, 367
NHX-Format, 109
Nicholas
- Hugh, 110
- Karl, 110
- nicht-synonyme Nukleotidsubsti tutionen, 191
Nicotiana, 52
NIH (National Institute of Health), 74
Nirenberg, Marshall, 7
Nixon, Kevin, 108, 109
NJ -> Neighbour Joining

NLE (Non-Liverwort Embryophytes), 338
NNI -> Nearest Neighbour Interchange

Node -> Knoten

Nomenklatur, 52
- binäre, 367
- binomiale, 51, 75, 367
- binominale, 367
- ICBN, 52
- ICSP, 52
- ICZN, 52
Non-Contradiction Property (PC), 316
Non-Liverwort Embryophytes (NLE), 338
Non-Par ametric Rate Smoothing (NPRS), 367
NONA, 167
Nonparametric rate smoothing (NPRS), 249
Northern Blot, 43
Noteroclada, 52
NP-complete, 160, 223
NP-Vollständigkeit, 367
NPRS (Non-Parametric Rate Smoothing), 367
NPRS (Nonparametric rate smoothing), 249
Nüsslein-Volhard, Christiane, 341
nuisance parameter, 258
Nuklein, 1, 5
Nukleolus, 31
Nukleomorph, 335, 336, 367
Nukleosid, 367
Nukleosom, 363
Nukleotid, 3, 85, 367
- relative Häufigkeit, 177, 178
Nukleotidsequenz, 3, 69, 74, 85, 86, 120
Nukleus, 2, 12, 14, 24, 25, 27-29, 42 -> auch Zellkern

Nullhypothese, 278
NUMTs, 28, 367
Nyctotherus, 24, 337
Nylander, Johan, 229
Nymphaea, 25

O

Ochoa, Severo, 6
ochre, 10
Ockham's razor (Ockhams Rasiermesser), 114, 142, 367
Ockham, William of, 142
Ökotypen, 49
Oligonukleotid, 36, 39, 367
ω (Omega), 367
Ontogenie, Ontogenese, 59, 310, 341, 367
Oomycota, 336
opal, 10
Open Reading Frame (ORF), 75
Operational Taxonomic Unit (OTU), 367
Operon, 7, 12
Opisthokonta, 329, 330
Optimalitätskriterium, 129, 159, 200.367
Optimization Supertrees, 315
Optimum
- globales, 163
- lokales, 162
Orchidaceae, 78
Ordered characters -> Geordnetes Merkmal

Ordnung, 51, 52, 54, 55
Ordo -> Ordnung

Ordovicium, 53
ORF (Open Reading Frame), 75
Organellen, 21, 23, 24, 27, 35, 42, 306
Organellen-DNA, 308
Organellengenome, 26, 71, 306, 368
ori (origin of replication), 33
Ornithorhynchus, 121
Ornithorhynchus, V Orobanche, 337
Ortholog, 71, 71, 310, 341, 368
Oryza, 9, 309, 334
OTU (Operational Taxonomic Unit), 367
Outgroup -> Außengruppe

Overfitting -> Überanpassung

Overparameterization -> Überparametrisierung

Owen, Richard, 57
Oxymonada, 361

P

Paarungsbarriere, 49, 308
Page, Roderick, 109
PaJaMo-Experiment, 7
Paläontologie, 47, 49, 50
Paläopolyploidie, 369
Palindrom, 33
PAM (Percent Accepted Mutations), 357, 368
PAM001-Matrix, 187
PAM250-Matrix, 87, 87, 187, 357
Pamilo-Bianchi-Li-Methode, 191
PAML, 101, 106
Pan, 343
Pantoffeltierchen, 337, 359
Parabasalia, 361
Parallelismen, 150, 363
Paralog, 72, 306, 309, 309, 310, 368
Paramecium, 337, 359
Parameterzahl, 192, 278, 279
Parametrischer Bootstrap, 293
paraphyletisch, 54, 55, 56-58, 61, 62, 68, 307, 368
Paraphylum, Paraphylie -> paraphyletisch

Pardee, Arthur, 7
Parsimonie
- Dollo- 152, 157
- Fitch- 152, 157, 158
- Generalisierte, 153
- gewichtete, 153, 154, 362
- Wagner- 152, 157
parsimonie-informatives Merkmal, 122, 142, 143, 368
Parsimonieprinzip, 142
Parsimony Analysis, Parsimonieanalyse -> Maximum Parsimony

Parsimony Ratchet, 108, 109, 166, 166, 167
Parsimony score, 145, 149, 152
Partition, 122, 368
Paternale Vererbung, 308
PATHd8, 248
Paulinella, V, 335, 359
PAUP*, 88, 98, 100, 102, 116, 123, 125, 126, 128, 129, 133, 136, 138
- AllTrees, 164
- Assumptions-Block, 157
- Baum-Block, 147
- branch swapping, 166
- character set, 150
- CStatus, 148
- Data block, 147
- Daten-Block, 147
- DSet, 198
- exclude, 150
- execute, 147
- export, 223
- factory default, 148
- Gewichtung von Merkmalen, 154
- heuristische Suche, 150
- HSearch, 164, 220
- Least Squares, 200
- Log-Datei, 219, 220
- LSet, 219
- Minimum Evolution, 200
- Optimalitätskriterium
- festlegen, 200
- options, 148
- outgroup, 219
- Parsimonie mit, 147
- pscore, 149, 169, 170
- Random seed, 166
- settings, 219
- showtree, 150, 201
- simple addition, 166
- Status-Fenster, 166
- Substitutionsmodell
- festlegen, 199
- tree block, 147
- typeset, 157
- UPGMA, 200
- usertypes, 157
- Wts, 154
Paup-Up, 101, 116, 135, 280
PCR, 8, 36, 78, 306, 367
p-Distanzen, 176
Penalized Likelihood (PL), 249, 368
Penalties, 365
Penny, David, 298
Pentatricopeptide Repeats (PPR), 309
Pentose, 367
Peptidbindung, 15
Peptidnukleinsäuren (PNA), 332
Peptidoglykan, 358
Percent Accepted Mutations -> PAM

Percolozoa, 361
Peridinin, 334
Peroxidase-Gene, 309
Peroxisomen, 364
Petunia, 52
Pezizomycotina, 328
Pfam, 76
Pferd, 50, 51
Phänotyp, 5, 49, 368
Phaeophyceae, 334
Phaeophyta, 336
Phage, 6-8, 21, 27, 32, 33, 35 -> Bakteriophage -> Viren, 372
Phage Group, 6
Phenetik, 56
Phenylalanin, 10
Phoca, 121
Phosphatase, 33
Phosphoribulokinase (PRK), 309
Photosynthese, 21
Phototropin, 342
PHYBASE, 250
Phycobilin, 334
Phycobiliproteine, 370
Phycocyan, 334
PhyDE, 90, 143
PHYLIP, 88, 98, 116, 321
PHYLIP-Format, 93, 94, 105, 223
Phylo_win, 104
Phylocode, 55, 368
Phylogenetik, molekulare, 2, 5

phylogenetische Systematik, 56
phylogenetischer Baum -> Baum

Phylogenie, Phylogenese, 59 -> auch Baum Phylogenomik, 312
Phylogramm, 60, 62, 62, 63, 74, 368
Phylum, 51
PHYML, 101, 107, 321
PHYML-online, 225
PhyNav, 225
Physcomitrella, V PhySIC, 316
Phytochrom, 310, 342
Phytophthora, 336
PICT-Format, 109
PILEUP, 87
PIR, 75
piRNA (piwi-interacting RNA), 32
PL (Penalized Likelihood), 249, 368
Placozoa, 341
Plantae, 334, 358
Plasmid, 6, 7, 33, 34
Plasmodien, 2
Plasmodium, 22-24, 337
Piastom, 24, 25, 338, 368
Platyhelminthes, 325, 326, 341
Platyzoa, 326
Plazentatiere, 121
Pleistozän, 273
Plesiomorphie, plesiomorph, 56, 57, 58, 368
PNAs (Peptidnukleinsäuren), 332
Pneumokokken, 6
Poa, 52
Poales, 309
Pogonophora, 326
Poisson, Siméon-Denis, 210
Poisson-Korrektur für Aminosäure-Sequenzen, 187
Poisson-Prozess, 208
Poisson-Verteilung, 210
Polarität, 152, 368
Poly-A-Schwanz, 14, 82
Polyadenylierung, 12, 14, 368
Polyadenylierungssignal, 14
Polychotomie -> Polytomie

Polymerase Chain Reaction -> PCR

Polymerasekettenreaktion, 37
Polymorphismus, 369
polyphyletisch, 57, 67, 369
Polyphylum, Polyphylie -> polyphyletisch

Polyploidie, 308, 333
Polyploidisierung, 48, 49, 369
Polytomie, 64, 64, 65, 369
Popper, Karl, 294, 300, 304
Population, 48, 49, 49, 50, 57, 70, 369
Populationsanalysen, 259
Populus, V Porifera, 324, 341
Porphyra, 22
Posada, David, 105, 281, 304
Position
- invariable, 143, 186
- konstante, 143
- uninformative, 143, 146, 148, 169, 372
Positive Selektion, 176
Posterior distribution -> Posteriori Verteilung

Posterior probability, 204, 205, 234-236, 369
Posterioriverteilung, 236
Posterioriwahrscheinlichkeit -> Posterior probability

Postorder traversal, 158, 159
Potential scale reduction factor, 242
Power, 294
POY, 97
PPR (Pentatricopeptide Repeats), 309
Präzision (von Methoden), 295
Prüfgröße, 278
PRAP, 167, 292
PRAP2, 226
pre-mRNA, 12, 13, 26, 31, 366, 369
Preorder traversal, 159
Primärstruktur, 15, 369
Primer, 37, 367
Primoplantae, 358
Prion, 8
Prior distribution, 236
prior distribution -> Prioriverteilung

Prior probability, 204, 205, 240
Prioriverteilung, 236
Priors, 235
- uninformative, 240
PRK (Phosphoribulokinase), 309
Probability, 365
posterior, 235, 369
prior, 235
Prokaryonten, 2, 13, 52, 55, 369
Prolin, 11
promiske DNA, 24, 28
Promotor, 12, 369
Protein, 9, 69, 86, 369
Protein-Splicing, 27
Proteinbiosynthese, 6, 12, 14, 331, 369
Proteinsequenz, 75
Proteinsequenzdatenbank, 79
Proteobakterien, 330
Protist, 2, 17, 23, 24, 29, 326, 329, 330, 337, 339, 361, 369
Protostomia, 324, 326
Prototheria, 120, 121
Protozelle, 332
Prozessierung, 12, 13, 369
Pruning algorithm, 218
Prusiner, Stanley, 8
Pseudogen, 306
Pseudomonas, 33
Psilotum, 55, 56, 324, 328
PSRF -> Potential scale reduction factor

Ptashne, Mark, 7
Pteridophyta, 55, 56
PubMed, 77, 78, 79, 366
Pucciniomycotina, 328
Punctuated equilibrium, 362, 369
Punktmutation, 88, 369
Punktschätzer, 257
Purifying selection, 176, 369
Purin, 10, 11, 86, 175
Purinbasen, 369
Pyrimidin, 10, 11, 86, 175, 369
Pyrococcus, 37
Pyrogramm, 40, 41
Pyrosequenzierung, V, 40, 41
Pyrrolysin, 31, 357
Pysilliden, 335

Q

Q-Matrix, 213
Quartärstruktur, 16, 369
Quartet puzzling, 105, 138, 222, 223, 369
Quartet Supertrees, 315
Quartett, 222, 369
Quartett-Methode, 222, 369
Quastenflosser, 365
Query, 81, 83

R

R-Coffee, 97
r8s, 247-249
Röntgenstrukturanalyse, 4
Rückmutation, 370
Radiata, 47
Radiation, 369
RAG1 (Recombination Activating Gene), 308
Rambaut, Andrew, 105, 109, 294
Randverteilung, 236
Rassen, 49
Rate smoothing, 249
Ratenheterogenität, 186, 216
Ratenmatrix, 213
Ratogramm, 273, 274, 369
RAxML, 225
RBP2 (RNA-Polymerase II), 307, 309
RC (Rescaled Consistency Index), 170
Rearrangement, 163
Reclinomonas, 22-24
Recombination Activating Gene (RAG1), 308
Red tides, 335
Reduktionsteilung, 19, 365
Reich, 51
Reifeteilung, 365
Reis -> Oryza

Rekombination, 2, 7, 370
Relative rate test, 247
relativer Ratenparameter, 216
Relaxed molecular clocks, 248
Relaxed Phylogenetics, 256
Religation, 33
Rensch, Bernhard, 47
Replikation, 4, 5, 7, 64, 370
Repression, 12
Reproduktionsbarriere -> Paarungsbarriere

Reptilien, 54
Resampling plans, 287
Rescaled Consistency Index, 170
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs), 8, 69
Restriktionsenzym, 7 -> DNA-Endonuklease

Retention Index (RI), 167, 370
Retikulate Evolution, 318, 366, 370
Retortamonada, 361
Retroelement, 337
Retrotransposon, 29
REV-Modell -> GTR-Modell

Reversals, 151, 363
Reverse constraint, 292
Reverse Transkriptase, 7, 42
Reversibilität, 152, 156, 158
Reversible-jump Markov chain Monte Carlo (RJMCMC), 283
rezent, 54, 60, 61
Rezessiv, 19, 370
RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms), 8, 69
Rhodophyta, 334, 358
Ribonucleic Acid -> RNA

Ribonukleinsäure -> RNA

Ribonukleoproteinkomplex, 16
Ribose, 367
Ribosom, 6, 12, 14-16, 31, 370
ribosomale RNA -> rRNA

Ribozym, 7, 332
Rind, 52
Ringelwürmer, 324
RJMCMC -> Reversible-jump Markov chain Monte Carlo

RNA, 4, 11, 331, 367, 370
RNA-Editing, 30, 75
RNA-Interferenz, 32
RNA-Polymerase, 6, 12, 12
RNA-Polymerase II (RBP2), 307, 309
RNA-Welt, 7, 26, 332
RNAi, 32
RNAsalsa, 97
RNAse P, 7, 26
Roberts, Richard, 8
Robustheit (von Methoden), 294
Ronquist, Frederik, 105
Root -> Wurzel

Root terminals, 158
ROSE, 293
Rostpilze, 328
Rotalgen, 334
Rothberg, Jonathan, 9, 39
Rozella, 329
rRNA, 16, 31, 69, 70, 306, 31018S, 307
- Gencluster, 306, 306
rRNA-Gencluster -> auch Gencluster
RRTree, 247
RT-PCR, 42
Ruminantia, 337

S

s. l. -> sensu lato

Sättigung, 176
Säugetiere, 53, 57
Saccharomyces, 8
Saccharomycotina, 328
Samenpflanzen, 53, 327
Sanger, Frederick, 6, 7, 39
Saturation, 176
Sauria, 54
Sauropsida, 54, 304
Schachtelhalme, 55, 56, 328
Schell, Jeff, 7
Schildkröten, 54
Schizosaccharomyces, 22
Schlafkrankheit, 2
Schlangen, 54
Schlauchpilze, 328
Schieiden, Matthias, 372
Schnabeltiere, 59
Schrödinger, Erwin, 6
Schritte, auf einem Baum, 142
Schwämme, 324
Schwann, Theodor, 372
Schwesterchromatiden, 19, 359
Schwestergruppen, 61, 62, 64, 64, 370
Scrapie, 8
Sectorial Searches, 166
Seeanemone, 326
Sekundärstruktur, 15, 26, 97, 369, 370
selbstspleißend, 26
Selektion, 49, 50, 357, 361, 370
- negative, 366
- positive, 176
stabilisierende, 176
Selenocystein, 31, 357
self-splicing -> selbstspleißend

Semi-strict consensus, 314
Senecio, 308
sensu lato, 55
Sequence Retrieval System, 77
Serin, 11
Serratia, 33
SET -> Endosymbiontentheorie, serielle

SH-(Shimodaira-Hasegawa)-Test, 293
Shape-Parameter, 186, 199, 370
- in PAUP*, 199
Sharp, Phillip, 8
Shimodaira, Hidetoshi, 294
Shimodaira-Hasegawa-(SH)-Test, 293, 370
Short Interspersed Repetitive Elements (SINE), 337, 370
SIC (Simple Indel Coding), 171
Signalmoleküle, 9
Simple Indel Coding (SIC), 171
Simple sequence repeat -> SSR172
Simpson, George Gaylord , 47
Simulation, 293, 295
SINE (Short Interspersed Repetitive Elements), 337, 370
Single Nucleotide Polymorphisms, 69, 369
Single strand DNA (ssDNA), 339
Sippen, 49
siRNA (small interfering RNAs), 32
Site -> Position

site, 152
- invariable, 186
Small Single Copy Region (SSC), 25
Smith, Hamilton, 7

sno-RNA (small nucleolar RNA), 31
SNPs -> Single Nucleotide Polymorphisms

snRNA (small nuclear RNAs), 14, 16, 27, 31
snRNP (small nuclear ribonucleoproteins), 14
SOAP, 98
Solanaceae, 52, 309
Solanales, 52
Solanum, 51
somatisch, 7
Somatotropin, 9
Sonde, 42
Sonderzeichen, 93, 94
Southern Blot, 7, 42
Southern, Edward, 7
Sozialdarwinismus, 72
Spacer -> Intergenische Region

Spectinomycin, 35
Spectral Analysis -> Spektralanalyse

Spectronet, 103, 318
Spektralanalyse, 319, 370
Spermatophyta, 53, 327
Spezies -> Art -> Art Sphenocleaceae, 52
Spirochaeten, 22, 370
Spleißen, 12, 14, 26, 367, 370
- alternatives, 26, 75, 357
Spleißosom, 14, 16, 26
Spliceosome -> Spleißosom

Splicing -> Spleißen

Split, 319, 370
Split Decomposition, 322
Splits-Tree, 107, 318
Splitters, 370
Sporophyt, 365
SPR -> Subtree Pruning and Regrafting

SRS -> Sequence Retrieval System

SSC (Small Single Copy Region), 25
ssDNA (Single strand DNA), 339
ssp. -> Subspezies

SSR (simple sequence repeat), 172
Ständerpilze, 328
Stöver, Ben, 110
Stabilisierende Selektion, 176
Stahl, Franklin, 6
Stamm, 51
Stammart, 60
Stammbaum, 58, 371
- metrisch, 60
- ultrametrisch, 60
Stammesgeschichte, 2
Stammzelle, 2, 371
Star decomposition, 162
Startbaum, 166, 221
Startcodon, 15, 30, 75, 119
Stebbins, George, 47, 48
Steel, Michael, 298
Stem regions, 286
Step matrix -> Kostenmatrix

Steps, 142
Stepwise addition, 160
stepwise addition, 161, 162, 217
Stetter, Karl, 3
Stichprobengröße, 201, 295
stille Nukleotidsubstitutionen, 371
stochastischer Fehler, 192, 194, 201, 278
Stopcodon, 75, 119
Stoye, Jens, 293
Stramenopila, 336, 359
STRAP_NT, 97, 110
Streptophyta, 334, 372
Strict consensus, 288, 314
Strimmer, Korbinian, 222, 226, 294
Strukturproteine, 9
Sturtevant, Alfred, 5
Subfunktionalisierung, 369
subsp. -> Subspezies

Subspezies, 49, 51
Substitution, 174, 175
- mehrfache, 176
- nicht-synonyme, 176, 191
- synonyme, 176, 191
- Wahrscheinlichkeit einer entlang eines Zweiges, 179
substitution probability matrix, 215
Substitutionen pro Sequenzposition (K), 180
Substitutions-
- Wahrscheinlichkeits-Matrix, 178, 181, 215
- JC- 215
- K2P- 216
Substitutionsmodell, 176, 177, 182, 182, 183, 208, 371
- Aminosäure- 187, 187, 357
- codonbasiert, 106, 190
- Hierarchie, 185, 186
- in PAUP*, 199
- mit Modeltest schätzen, 199
Substitutionsrate, 213, 214
- absolute, 246
- autokorrelierte, 249
- Gesamt- 214
- mittlere, 210
- momentane, 213
Subtree Pruning and Regrafting, 162, 162, 371
sukzessives Gewichten (successive weighting), 154
Sulfurylase, 41
Supermatrices, 315
Supertree, 315, 315, 371
Sutton, Walter, 5
SVG -> Scalable Vector Graphics

SWISSPROT, 75
Swofford, David, 100
SYM-Modell, 182, 185
sympatrisch -> Artbildung, sympatrische

Symplesiomorphie, 57, 371
Synapomorphie, 56, 66, 67, 169, 338, 342, 371
Synonyme, 51
synonyme Nukleotidsubstitutionen, 191
synthetische Evolutionstheorie, - > Evolutionstheorie, synthetische

Systema Naturae, 51

T

T-Bakteriophagen, 6
T-COFFEE, 97
T-DNA, 28, 35
Töpfchenpilze, 328
Tabak, 53
Tachyglossus, 121
Taenia, 22, 23
TAIR, 76
Tajima-Nei-Modell, 182
Tajima-Nei-Test, 247
Takakia, 61, 311, 327
Tamura-3-parameter-Modell, 182
Tamura-Nei-Modell, 182
Tannenbaum, 53
Taphrinomycotina, 328
TATA-Box, 13
Tatum, Edward, 6
Tausendfüßer (Myriapoda), 307
Taxa (pl.), Taxon (sing.), 51, 52, 57, 371
Taxon, 61
Taxon sampling, 61, 310, 311
- umfangreiches, 166
Taxonomie, 51, 57, 75, 78, 80, 119, 371
- numerische, 367
Taxonomy Browser, 78, 80
Taxonomy Database, 52, 53, 79, 330
TBLASTN, 81
TBLASTX, 81
TBR -> Tree Bisection and Reconnection

Telomer, 9, 20
Temin, Howard, 7, 42
Template, 37, 306
Templeton-Test, 293
Temporal Hidden Markov Model -> THMM-Modell

terminal, 158
- root- 158
terminale Äste, Termini, 60
Tertiärstruktur, 15, 369
Test statistic, 278
Teststärke, 294
Tetracyclin, 35
Tetrahymena, 7, 337, 359
The Institute for Genomic Research, - > TIGR

Thermos, 37
Thermotoga, 339
THMM-Modell, 284
Threonin, 11
Thylakoide, 364
Thymidin, 3, 11, 367
Thymin, 4, 11, 358, 367
Ti-Plasmid, 7, 8
Ti/Tv (Transitions-Trans versions-Verhältnis), 181, 371
TIGR, 8, 74, 76
TIM-Modell, 182, 185
TIMef-Modell, 182, 185
TKF91-Modell, 286
Tmesipteris, 55, 56
TN-Modell, 182, 185
TNef-Modell, 182, 185
TNT, 167
Tonegawa, Susumu, 7
Topologie, 62-65, 67, 114, 371
Topologischer Test, 293, 371
Toxoplasma, 337
Tracer, 259
Tracheophyta, 54, 55, 327
Trans-Splicing, 27, 339, 371
transfer RNA -> tRNA

Transformation, 7, 8, 32, 33
Transition, 123, 130, 175, 175, 180, 215, 371
Transition probabilities, 211
Transition probability matrix, 215
Transitions-Transversions-Verhältnis, 181
Transitions-Wahrscheinlichkeits Matrix, 215
Transitionsmatrix, 211
Transkription, 4, 12, 12, 13, 26, 30, 331, 371
Transkriptionsfaktor, 12, 309, 341, 369, 371
Transkriptom, 43
Translation, 12, 30, 32, 371
Transportproteine, 9
Transposable Elemente, 337
Transposon, 28, 337, 371
Trans-Term, 76
Transthyretin (TTR), 307
Transversion, 123, 130, 175, 175, 180, 215, 371
Tree, -> Baum

Tree additivity, 194
Tree Bisection and Reconnection (TBR), 125, 129, 162, 371
Tree Explorer, 62, 101, 124, 133, 138, 139
Tree island, 163, 164
Tree of Life, 64, 371
Tree space, 161
TREE-PUZZLE, 101, 105, 105, 106, 109, 223, 223, 225
Tree-Annotator, 259
Tree-Base, 74, 76, 109, 307, 371
Tree-Con, 104, 112
Tree-Edit, 109
Treefinder, 104, 107, 225
Tree-Graph, 110, 116, 133, 139
Tree-View, 101, 109, 116, 133, 135, 139
TrEMBL, 75
Tribus, 52
Trichomonas, 361
Trichoplax, 324
Triplett, 9, 10
Trisomie 21, 21
Tritomie, 63, 64
Trivialname, 80
tRNA, 6, 12, 14, 31, 69, 332, 372
Trypanosoma, 335, 361
Trypanosomen, 2, 30
Tryptophan, 10
Tschermak, Erich, 5
TTR (Transthyretin), 307
Tubulin, 307
Turbellaria, 326
TVM-Modell, 182, 185
TVMef-Modell, 182, 185
Tyrosin, 10

U

Ubiquitin, 306
Überanpassung, 278
Übergangsmatrix, 211
Überparametrisierung, 192, 250
Uhu, 51
Ultrametrik, 196
Ultrametrischer Stammbaum, 371, 372
Unabhängige Mutationen, 372
uncorrected distance, 177
Ungeordnete Merkmale, 155, 372
Unikonta, 342
uninformative Positionen, 143, 146, 148, 169, 372
unkorrigierte Distanz, 177
unordered characters -> ungeordnete Merkmale
Unterart -> Subspezies
Unterfamilie, 52
Unterklasse, 52
Untranslated Region (UTR), 12, 15, 366
UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic means), 115, 196, 197
- in PAUP*, 200
Uracil, 11, 359, 367
Uratmosphäre, 331
Uridin, 11, 367
Urochordata, 342
Ursäuger, 121
Ussher, James, 50
Ustilaginomycotina, 328
UTP, 3
UTR (Untranslated Region), 12, 15, 366

V

Valin, 11
Van de Peer, Yves, 104
Van Montagu, Marc, 7
Varietäten, 49
Vektor, 35, 75
Vendobionta, 360
Venter, Craig, 8, 9
Vererbung
- maternal, 308
- paternal, 308
Vertebrata, 47
Vesikel, 364
Vier-Punkte-Bedingung, 194
Vikarianz, 372
Viren, 2, 258, 372
Viridiplantae, 334, 342, 358
Virus -> Viren
Vögel, 54, 57, 59, 312, 326
Volkin, Elliot, 6

von Haeseler, Arndt, 105, 217, 222, 226

W

Waddington, Conrad Hal, 360
WAG-Modell, 189
Wagner-Parsimonie, 152, 157, 372
Wahrscheinlichkeit, 365
Wahrscheinlichkeitsrechnung, 204
Wale, 50, 59, 337
Wallace, Alfred, V, 46
Waring-Blendor-Experiment, 6
Wassermelone, 24
Watson, James, 3, 6, 9, 44
Weighted Parsimony -> Parsimonie, gewichtet

Weismann, August, 47
Weizen, 334
Whelan, Simon, 284
Wieschaus, Eric, 341
Wilcox, Kenneth, 7
Wilcoxon-Rangsummen-Test, 293
Wildtyp, 357
Wilkins, Maurice, 6
WinClada, 109
Windows Metafile-Format, 109, 138
Wobble Paarung, 16, 358, 359
Woese, Carl, 2, 55
Word Size, 82
Worm-Base, 76
Wright, Sewall, 47
Wurzel, 62, 332, 372
Wurzelhalsgallen, 7, 28

X

X-Chromosom, 21
Xenarthra, 324
Xenolog, 310, 318, 372
Xenoturbella, 326
Xia, Xuhua, 104
XML-Format, 91
χ² (Chi-Quadrat), 279

Y

Y-Chromosom, 21, 308
YAC (Yeast Artificial Chromosome), 36
Yang, Ziheng, 106
Yeast Artificial Chromosome (YAC), 36
Yucca, 78, 82, 90

Z

Z (Glutamat/Glutamin), 357
Zaglossus, 121
Zamecnik, Paul, 6
Zebrabärbling, 341
Zelle, 2
Zellkern, 2, 11, 14, 21 -> auch Nukleus

Zelltheorie, 372
Zellwand, 358
Zentralwert, 272
Zufallsbaum, 159
Zwei-Schritt-Verfahren, 114, 164, 359, 372
Zweig, -> Ast

Zygomycota, 328

Autor

Prof. Dr. Volker Knoop (geb. 1963) hat in Berlin Biochemie studiert und dort am Institut für Genbiologische Forschung und später an der Universität Ulm gearbeitet. Er ist seit 2002 Leiter der Abteilung Molekulare Evolution an der Universität Bonn und Gründungsdirektor des dortigen IZMB, des Instituts für zelluläre und molekulare Botanik.

Dr. Kai Müller (geb. 1975) ist wissenschaftlicher Assistent am Nees-Institut für Biodiversität der Pflanzen der Universität Bonn und leitet dort die Arbeitsgruppe "Systematik und Evolution". Zu seinen Forschungsschwerpunkten gehören Phylogenie und Systematik verschiedener Blütenpflanzengruppen, die Evolution von Chloroplasten-Genomen, sowie die Entwicklung von bioinformatischen Methoden und von Software.

Reviews

Herrlich wie Knoop und Müller den trockenen Stoff der molekularen Phylogenetik in einfacher, unprätentiöser und humorvoller Rede pädagogisch aufbereitet haben: Viel besser kann man das nicht darstellen. (...) Ein bemerkenswertes, ein empfehlenswertes Buch. Laborjournal, Oktober 2010 Das buch bietet so eine ideale Balance zwischen Theorie und Praxis. Es hat zahlreiche Illustrationen, bietet am Ende der Kapitel Hinweise zum Weiterlesen und schließt mit einem Glossar und einem umfangreichen Index. www.literatur-report.de, November 2008 Der Einstieg in beide Welten gleichzeitig - Molekularbiologie und Phylogenetik - ist nicht unbedingt einfach. Hier will dieses Buch eine Lücke schließen. Die molekularen Datenbanken sind öffentlich und die notwendige Software fast immer kostenlos - man braucht nur PC, das Internet und dieses Buch. Lebensmittel & Biotechnologie V. Knoop und K. Müller haben ein hervorragendes Einsteigerhandbuch mit sehr viel Engagement und didaktischem Können produziert, das alle wichtigen Themen berücksichtigt und das man gerne lesen mag. Es gibt einen kompetenten Überblick über die molekulare Systematik und Phylogenetik. Gene und Stammbäume sollte man allen ans Herz legen, die sich mit dieser wichtigen und zukunftsweisenden Materie wissenschafltich beschäftigen wollen. Physik in unserer Zeit (...) ein richtiges Arbeitsbuch, das für Studierende und jene mit Nachholbedarf in kompakten Portionen alles Wichtige bereitstellt. Es kann daher allen Interessierten empfohlen werden. Chemiereport.at