DeutschesFachbuch.de : Gene und Stammbäume Ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik Von Volker Knoop, Kai Müller

INHALTSVERZEICHNIS | öffnen

Inhaltsverzeichnis
1 Die molekularen Grundlagen des Lebens 1
1.1 Erbinformation: Nukleotide und DNA 2
1.2 Der genetische Code 9
1.3 Die Proteinbiosynthese 11
1.4 Chromosomen und Chromatin - Gene, Genome und Genetik 17
1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und ... ?21
1.6 Molekulare Besonderheiten 26
1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie 32
1.8 Leseempfehlungen 43
2 Evolution, Taxonomie, Kladistik und Phylogenetik 45
2.1 Evolution 46
2.2 Taxonomie 51
2.3 Kladistik und Phylogenetik 56
2.4 Molekulare Phylogenetik 68
2.5 Leseempfehlungen 72
3 Datenbanken, Alignments, Software 73
3.1 Die Datenbanken für molekulare Sequenzdaten 74
3.2 Alignments 85
3.3 Integrierte Programmpakete für die molekularen Phylogenetik 98
3.4 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen 104
3.5 Graphische Darstellung von Bäumen 109
3.6 Attraktive Darstellung von Alignments 110
3.7 Leseempfehlungen 111
4 Stammbäume rekonstruieren: das Allerwichtigste in einem Kapitel 113
4.1 Phylogenetische Methoden in der Übersicht 114
4.2 Erste Stammbäume mit MEGA und PAUP*116
4.3 Beuteltiere auf die Bäume: MEGA 117
4.4 Arbeiten mit PAUP* unter Windows 128
4.5 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum 137
4.6 Leseempfehlungen 139
5 Parsimonieanalyse 141
5.1 Das Parsimonieprinzip 142
5.2 Gar nicht sparsam: Mehr über Parsimonie 150
5.3 Auf Baumsuche 159
5.4 Die Messung von Homoplasie 167
5.5 Oft übergangen: Lücken im Alignment 170
5.6 Leseempfehlungen 172
6 Distanzverfahren 173
6.1 Unterschiede zwischen DNA-Sequenzen: Schein und Sein 174
6.2 Distanzkorrektur: Messen von genetischen Distanzen 176
6.3 Bäume aus Distanzen I: Suchverfahren 192
6.4 Bäume aus Distanzen II: Clustering-Methoden 196
6.5 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP*198
6.6 Leseempfehlungen 201
7 Maximum Likelihood 203
7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit 204
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum 206
7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum?217
7.4 ML und Batch Files in PAUP*218
7.5 Alternative Suchverfahren und weitere Software 222
7.6 Leseempfehlungen 226
8 Bayesianische Statistik 227
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes 228
8.2 Bayesianische Statistik - die Hintergründe 234
8.3 Markov Chain Monte Carlo 236
8.4 Leseempfehlungen 243
9 Raten und Zeiten 245
9.1 Die molekulare Uhr 246
9.2 Das A und O: Die Kalibrierung 250
9.3 Phylogramme zu Chronogrammen: r 8 s 252
9.4 Relaxed Phylogenetics und BEAST 256
9.5 Absolute Substitutionsraten und Diversifikationsraten 272
9.6 Fossile DNA, ancient DNA 273
9.7 Leseempfehlungen 275
10 Testen und Vergleichen: Modelle, Bäume und Methoden 277
10.1 Phylogenetics' next Topmodel: Welches ist das beste Modell?278
10.2 Evaluation von Stammbäumen 287
10.3 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden 294
10.4 Leseempfehlungen 304
[weiter lesen]

REGISTER | öffnen

Index
AA-posteriori-Wahrscheinlichkeit, -> Posterior probability
ABC-Modell, 341
Abstammungsgemeinschaft, 54, 54-56, 58
Abteilung, 51, 52-54
Accession -> Datenbankeintrag
Accession number -> Akzessionsnummer
18 S rRNA, 16, 307
Acidic Phosphatase Type 5 (AP 5), 308
Ackerschmalwand -> Arabidopsis Acoelomata, 341
Ad Hoc Rate Smoothing (AHRS), 250
Ad-hoc-Hypothesen, 151
Adams consensus, 314
Adaptation, 310
Adaptive Evolution, 342
Adelphotaxon, 357
Adenin, 4, 11, 358, 367
Adenosin, 3, 367
ADH (Alkoholdehydrogenase), 309
Adiantum, 342
Affen, 45, 48, 57, 70
AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphisms), 69
Afrotheria, 324
Agaricomycotina, 328
Agarosegel, 7, 36
Agarosegelelektrophorese, 35
Agavaceae, 77
Agreement Supertrees, 315
Agrobacterium tumefaciens, 7, 8, 28
AHRS (Ad Hoc Rate Smoothing), 250
AIC -> Akaike Information Criterion
Akaike Information Criterion (AIC), 192, 279, 357
Akkuratheit (von Methoden), 295
Aktin, 9, 307
Akzessionsnummer, 74, 77-79, 81, 90, 92, 218
Alanin, 11
Alignment, 86, 87, 110, 120, 122, 126, 138, 170
- Gap penalties, 188
Alignmentposition, 152
Alinierung, 95, 121, 170, 357
AliScore, 98
Alkaptonurie, 6
Alkoholdehydrogenase (ADH), 309
Allel, 19, 49, 50, 308, 357
Alligatoren, 54
allopatrisch -> Artbildung, allopatrische
Allospezies, 357
Allozym, 364
α -Helix, 15
α -Proteobakterien, 21, 28
Altman, Sidney, 7, 26
Alu-Elemente, 370
Alveolata, 330, 337, 359
Alveoline, 342
Amöben, 2
Amaranthaceae, 218
amber, 10
Amborella, 61, 311, 312, 339
Ambulocetus, 50
Ameisen, 251
Aminoacyl-tRNA-Synthetasen, 15, 332
Aminofunktion, 357
Aminosäure, 9, 10, 12, 15, 17, 27, 29, 31, 36, 331, 357
Aminosäure-Substitutionsmodelle, 187, 357
- empirische, 187
- +F, 188- +G, 189- +I, 189
- mechanistische, 187
Aminoterminus, 15, 357
Amoebozoa, 342
Among-site rate variation, 184, 357
Ampicillin, 35
Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLPs), 69
Amylase, 9
Anagenese, 357
Analogie, 57, 150, 342, 357, 363
Ancient DNA, 273
Aneuploidie, 21, 358
Angiopteris, 313
Angiospermen, 246, 251
Annelida, 324
Annotierung, 119
Anopheles, 50
Antennapedia, 341
Anthocerotophyta, 54, 327
Anthophyten, 328
Antibiotikum, 35
Anticodon, 12, 15, 16, 31, 358
Antikörper, 9
AP 5 (Acidic Phosphatase Type 5), 308
Aphiden, 335
Apicomplexa, 330, 336, 337, 359
Apolipoprotein B, 31
apomorph, Apomorphie, 56, 57, 358
Approximately Unbiased Test (AU), 358
Arabidopsis, 8, 19, 23, 24, 52, 74, 309
Araliaceae, 309
Aramemnon, 76
Arber, Werner, 7
Arbuskuläre Mykorrhiza, 329
Archaea, 2, 17, 55, 310, 329-331, 339, 358
Archaeplastida, 334, 358
Archebakterien -> Archaea
Archezoa, 361
Archosauria, 54
Arginin, 11
Argonaut, 32
Arrays, 43
Art, 2, 19, 20, 28, 46-48, 49, 51, 53, 57, 59, 80, 308, 358
- biologische, 49, 358
- kryptische, 50
- unscharfe (fuzzy), 339
Artbildung, 64
- allopatrisch, 48, 357
- sympatrisch, 48, 371
Artentstehung -> Artbildung
Arthropoda 324
Articulata, 47, 324
Artkonzept, 48, 49, 49, 339, 358
Ascomycota, 328
Asilomar, 7
Asparagales, 78, 82
Asparagin, 10
Aspartat, 10
Ast, 60, 61, 62, 62, 65, 125, 358
- intern, 60, 60
- terminal, 60, 60
Aster, 52
Astlänge, 358
Astrachan, Lazarus, 6
Atavismus, 358
Atmungskette, 22
ATP, 3
Atropa, 52
ATV (A Tree Viewer), 74, 109
AU (Approximately Unbiased Test), 294, 358
Außengruppe, 64, 65, 103, 125, 136, 137, 312, 358
Auge, 342
Autapomorphie, 57, 143
Autosom, 20
Average Consensus, 315
Avery, Oswald, 6
Aves, 54
Axinella, 23
BB (Aspartat / Asparagin), 357
Bärlappgewächse, 55, 56, 328
BAC (Bacterial Artificial Chromosome), 36, 358
Bacteria, 2, 361
Bacterial Artificial Chromosome (BAC), 36, 358
Bakterienchromosom, 19
Bakteriophage, 6, 372
Baltimore, David, 7, 42
Bangiomorpha, 370
Barcode of Life, 358
Barnett, Leslie, 7
Basal, 358
Base stacking, 360
Basen, 359
Basenpaare, 3, 4, 8, 13, 23, 359
Basenzusammensetzung, 178
Basic Local Alignment Search Tool, - > BLAST
Basidienpilze, 328
Basidiomycota, 328
Basionym, 51
Batch files, 218
Baum
- additiver, 197
- Dendrogramm, 61
- gewurzelter, 61, 144
- Kladogramm, 61
- Länge, 152
- MP- 152
- Phylogramm, 61
- sparsamster, 152
- ultrametrischer, 61, 196, 197, 197
- ungewurzelter, 61, 144
- Zufalls- 159
Bauminsel, 163, 164, 164
Baumsuchverfahren, 114, 196, 359
Bayes' Theorem, 204, 235
Bayes, Thomas, 227
Bayes-Statistik -> Bayesianische Statistik
Bayesian Information Criterion (BIC), 280
Bayesian Supertrees, 315
Bayesianische Analyse Verfahren -> Bayesianische Statistik
Bayesianische Statistik, V, 105, 114, 204, 227, 234, 236, 301, 359, 369
Bayessche Statistik -> Bayesianische Statistik Beadle, George, 6
BEAST, 105, 126
Bedingte Wahrscheinlichkeit, 204
bedingte Wahrscheinlichkeitsverteilung, 236
Benzer, Seymour, 7 β-Amylase, 309
β-Faltblatt, 15
Beutelsäuger, 117
Beuteltiere, 59, 307, 311, 322
BI (Bayesian Inference) -> Bayesianische Statistik
Bicosoecida, 336
Big Bang, 246
Bikonta, 342
Bilateria, 341
Binäre Merkmale, 152
Binäre Nomenklatur -> Nomenklatur
[weiter lesen]